Le club est créé aux environs de 1920 sous le nom d'Association Sportive Champagnolaise. Il évolue régulièrement en championnat régional puis en championnat d'honneur dans les années 1960. Le club accède au championnat de France Amateur (CFA) en 1964-1965. Cinq ans plus tard, l'Association Sportive Champagnolaise joue de nouveau en championnat d'honneur et ce jusqu'en 1975. L'année suivante, le club évolue durant deux saisons en promotion d'honneur. Il se hisse alors en division d'honneur en 1977 jusqu'en 1983 puis descent en Promotion de Ligue.
Le 16 mars 1984, l'ASC devient le Football Club Champagnole.En trois saisons (1984 - 1985 , 1985 - 1986, 1986 - 1987) le club accède en championnat de promotion d'honneur puis au championnat d Honneur. Le FCC atteint ensuite la 4e division 1987-1988. Le club retrouve le championnat Régional d Honneur pendat deux saisons de 1988 à 1980. En Coupe de France le FCC est écarté au 8e tour par Clermont-Ferrand sur le score de 1 à 0. C'est ensuite la descentes en promotion d Honneur lors de la saison 1991-1992. En 1995-1996, c'est la remontée en division d'honneur. Cette même année, le FCC est écarté en Coupe de France par le FC Sochaux 1 à 0 devant 3000 Spectateurs. En 1997 - 1998 le club est éliminé par le FC Mulhouse sur le résultat de 2 à 0 en 32e finale de la Coupe de France
Le club accède en CFA 2 lors de la saison 1999-2000. Le FCC s'est distingué ces vingt dernières années par son niveau de formation des jeunes ce qui lui permet de se maintenir au meilleur niveau régional. Nombreux sont les joueurs formés à Champagnole qui grossissent aujourd'hui les rangs des clubs départementeaux, régionaux et même nationaux. Aujourd hui à Valenciennes en Ligue 1, évolue Grégory Pujol, joueur qui à fait ses premières armes de footballeur à l'école de football de Champagnole. La qualité de cette formation permet souvent de fréquenter les championnats nationnaux de jeunes et d'accéder au championnat CFA 2 avec l'équipe seniors.
L'équipe Féminine du FCC est toujours présente au meilleur niveau régional et a souvent participé au championnat national.
Depuis 2003, le FCC évolue à nouveau en Championnat d'Honneur Régional est rate chaque année de très peu la marche pour retrouver le Championnat d'Honneur.
Le FCC ne peut être évoquer sans remercier les nombreux bénévoles ainsi que Nicole et Jacques, ancien patrons de La Chaumière. Ce lieu fut le siège du club depuis de si nombreuse années que Nicole et Jacques sont tous naturellement les parrains du club.